自动对焦依赖光线或足够的对比度，在光线不足情况下，对比度随之降低，因此往往无法自动对焦，有时即使使用了AF辅助灯，也无法应付。在一些光线看似足够但实际是长时间曝光的场合拍摄，往往因为自动对焦不准而导致画面不清晰，更有甚者根本无法合焦。这时候常常需要目测焦距，手动对焦来处理。
有时候即使光线充足，但如果拍摄如一幅净色的墙壁，自动对焦可能就会失效，或者导致对焦不准、焦平面偏移。这个时候可以把镜头拧开，用其他东西来对焦，半按快门回来再拍摄，或者直接使用手动对焦。
拍摄风景时，有时需要拍出整体风景都清晰的画面，因此一般都会采用小光圈，制造较深的景深，而其中“超焦距”更是一个有效方法，但如果用了自动对焦则会改变对焦区域。很多相机预设了对焦点在画幅中间，特别在进行三分法构图时便不容易正确对焦，这需要特别注意。可以采用自动对焦后锁定焦点重新构图、改变区域对焦位置、手动对焦等办法来处理。拍摄秋叶特写等需要创意摄影的时候，也需要细细控制。
常见的HDR其实就是合成几张除了曝光之外其他控制完全相同的照片，但如果用了自动对焦，则每张照片之间可能会在对焦点上有所不同，从而导致各图层之间出现虚影。
大多数情况下都不应该隔着玻璃拍摄，但事实上许多人都会碰到这样的问题，例如乘搭飞机或参观水族馆。用CPL可以消除一定的反光，用手动对焦可以避免对焦于玻璃上的污迹或玻璃上的倒影，从而方便实现正确对焦。
人像拍摄是最常见的拍摄题材之一，但许多人都以自动对焦为主。人像摄影往往最重要的是拍摄眼睛，但配合背景虚化处理的要求，大多数人会使用大光圈浅景深，这样焦点往往会自动对在眼睫毛或鼻尖上，导致眼睛变得模糊，破坏灵气，从而失去画面整体的活力。有时候人像拍摄更需要精准的手动对焦。
由于景深太浅，自动对焦变得很困难，甚至随时偏移对焦，这时候手动对焦可帮助你控制影像，并实现更为精准的对焦。特别是对于有些专用的微距镜头，能全程实时手动，在自动的基础上用手动进行微调，这对微距拍摄带来极大的便利。
1. 在使用手动对焦镜头时，具有合焦提示功能的相机机身会给用户一个参考合焦指示，半按快门同样会有合焦提示音供参考。合焦后景物会清晰地呈现在对焦屏上，而是否清晰主要由人来判断。
2. 有些具有全时手动对焦功能的镜头，是指在自动对焦后可由拍摄者随时进行最终的调焦，而不需要通过调整自动和手动按钮来切换对焦方式。
3. 若非支持全时手动对焦的镜头，在自动对焦状态下手动转动对焦环会明显感觉阻尼很大，请谨慎使用，以免对阻尼造成损坏。
4. 在拍摄实践中，特别是针对长焦距，可以采用先自动后手动微调的方式。
5. 在弱光情况下，许多镜头会出现“拉风箱”，特别是副厂头，这时不妨切换至手动试试。