在Windows系统中，磁盘碎片是一个常见的问题，如果不注意，系统性能可能被侵蚀。Linux使用第二扩展文件系统(ext2)，它以一种完全不同的方式处理文件存储。Linux没有Windows系统中发现的那种问题，这使得许多人认为磁盘碎片化根本不是一个问题。但是，这是不正确的。所有的文件系统随着时间的推移都趋向于碎片化。Linux文件系统减少了碎片化，但是并没有消除。由于它不经常出现，所以对于一个单用户的工作站来说，可能根本不是问题。然而在繁忙的服务器中，随着时间的过去，文件碎片化将降低硬盘性能。下面是优化Linux系统硬盘性能的一些具体措施。
清理磁盘驱动器：删除不需要的文件，清除所有需要被保存但将不被使用的文件。如果可能，清除多余的目录并减少子目录的数目。释放磁盘空间可以帮助系统更好地工作。
Linux系统上整理磁盘碎片的最佳方法是：做一个完全的备份，重新格式化分区，然后从备份恢复文件。当文件被存储时，它们将被写到连续的块中，从而不会碎片化。这对于像/usr之类不经常改变的程序分区可能是不必要的，但它可以在多用户系统的/home分区产生奇迹。
如果你的硬盘是一个IDE驱动器，可以通过升级到SCSI驱动器获得更好的整体性能。因为IDE控制器必须访问CPU，CPU和磁盘密集型操作可能变得非常缓慢。SCSI控制器不用通过CPU处理读写。当IDE驱动器在读或写时，用户可能会因为CPU周期被IDE驱动器占用而抱怨系统的缓慢。更快的控制器和磁盘驱动器（如UltraWide SCSI控制器、UDMA控制器）也能带来显著的性能提升。磁盘本身的速度（rpm）越大，磁盘速度也越快。大多数服务器系统厂商可提供7500rpm甚至10000rpm SCSI磁盘。
IDE和SCSI磁盘可以被链接。如果在系统中有两个或更多SCSI磁盘，很可能被链接到同一个控制器。如果是服务器，可以通过对每个SCSI驱动器提供一个控制器来改善性能。
使用hdparm工具可以调整IDE硬盘性能，它设计时专门考虑了使用UDMA驱动器。在缺省情况下，Linux使用最安全的设置，但这也是最慢的。通过激活32位支持（-c3参数）和多部分访问（-m16参数）可以显著改善性能。注意：在使用hdparm之前，确保对系统已经做了完全的备份，因为错误的设置可能导致数据丢失。
常用命令示例：
查看IDE驱动器信息：hdparm -v /dev/hda
测试驱动器传输速率：hdparm -Tt /dev/hda
激活32位支持：hdparm -c3 /dev/hda
激活16部分传输：hdparm -m16 /dev/hda
RAID（廉价驱动器的冗余阵列）可以改善磁盘驱动器性能和容量。Linux支持软件RAID和硬件RAID。软件RAID嵌入在Linux内核中，比硬件RAID花费要少得多。硬件RAID使用特殊设计的硬件控制多个磁盘，性能更强但价格较高。RAID的基本思想是组合多个小磁盘成为一个磁盘驱动器阵列，提供与大型计算机中单个大驱动器相同的性能级别。磁盘读写在RAID磁盘阵列的并行数据通路上同时进行。